主賓について

お仕事を続けるのであれば、上司の方は招待したほうがいいような気がします。
でも、どうしても呼びたくないのであれば、当たり障りのない理由を用意しておけばいいと思います。

私も来年、式を挙げますが、仕事関係の方を呼ぶのは新郎のみです！
私は、親族と友人を招待するつもりです。

色々な形式がありますから、
新婦側に主賓がいないのは特に問題ないと思います。

上司の方が、披露宴に呼ばれない事を気にするような人柄ならば
考えた方が良いと思いますが。

呼ばない方向であれば、結婚の報告をきちんとされて
新婚旅行等で休暇を取るのであれば職場に迷惑がかからないようにするなど
心遣いを忘れずにされたらよいと思いますよ。

やはり、お仕事を続けるのであれば、新郎・新婦共に会社側の上司にお願いするのが
一般的な方式だと思います。
さらに、新婦に主賓を立てないというのは、まずいです。
そういう結婚式は、私は今まで見たことないですよ。
逆に仕事をやめるとしても通常、私事でお世話になっている方や
親戚などから主賓を立てるのが通常です。