手土産の用意で悩んでいます。

あくまで個人的な意見ですが、私でしたら1人分には少し多いくらいの同じお菓子の箱を、両方にお渡しします。片方だけ少ないと、どうしても差をつけられているように感じさせてしまうでしょうし、そこでお母様の方は他のご親戚がいらっしゃるからという理由をわざわざお話しするのも語弊が生じそうで、不適切に感じるからです。勿論、お父様がお一人でも困らないような、日持ちのするものを選びます。

金額にも見た目にも差が出たらダメでしょう。
お二人の交友関係は関係ありません。
二人とも同じように接しますよ、という意味合いを向こうに見せるのです。