[至急]主賓へのお車代は１万円？５千円？

少ないと思います。

車代は、往復代で切りのいい数字
もしくは、自宅⇔式場タクシーを利用できる金額

なんじゃないかなぁ・・・と思います。
私は姉もいるのですが、姉は自宅⇔式場　タクシー利用の金額
さらに、お礼(日当ですね)を1万円ずつ包んでお渡ししたそうです

私は往復代で切りのいい数字＋お礼1万円　包みました。

当然、結婚式を開く側は赤字ですが、来ていただくのですから、そのくらいしました。
参考になれば・・・

5千円は少ないと感じましたが同僚に聞いてしまったとなると、相談しておいて同僚より手厚くお礼したことが万が一同僚にしれてしまった時に気まずくならなければいいのですが。出来れば他に先輩に聞いてみて、先輩も5千円だったなら慣例と捉えて5千円でもいいかもしれませんね。あとプラスで品物をお付けするとか。

主賓で挨拶や乾杯をしていただくのであれば御礼を含めてのお足代5000円では少ないと思います。

会社の方とお足代を揃えるのであればお足代5000円引き出物プラスお礼の品(商品券など)をしてもいいかと。
揃えないのであれば10000円でいいと思いますが、会社の方に確認してしまっているので。
それか引き出物のランクアップはどうですか？
ウエッジウッド、ロイヤルコペンハーゲンとか有名ブランドの食器だとおおっと喜ばれますよ。

うちの場合は新婦側の主賓は県外から来ていただくので往復の新幹線切符と宿泊費をこちらで持ち、プラスお礼に10000円渡します。
乾杯の方は県内なので10000円(大学時代の先生)
新郎側の主賓は県内ですが、新郎側の両親と同じ職種で親の顔があるからと30000円を包むように義父から希望が来ています(これには私も正直驚きました)
どの方も引き出物はランクアップさせています。
正直出費にはなりますが、挨拶、乾杯をお願いしているのでお礼のつもりで頑張ります。

乾杯と主賓挨拶をお願いされているんですよね。
さらに電車で一時間かけていらっしゃる５０代の上司の方へは
やっぱり少なくとも１万円じゃないでしょうか。

同僚２名の方の例に習うという選択肢もありますが（同じ上司の方ゆえ
５０００円とは少ない･･･とは感じないで下さるかもしれませんが）
世間一般の相場でとお考えでしたら１万円でしょうね。

ただのお車代だけなら距離によって5000円でもいいような気がしますが、挨拶や乾杯を頼んだのなら一万円が無難でしょうね。

でも会社の人に話してしまった手前、ちょっと考えてしまいますよね・・・。