仲のよい職場ですが、それが逆に悩みになっています。

その人数での職場内結婚ですと、きっと職場も盛り上がってらっしゃるかと思います。

私の職場でも去年、部署内の結婚があり、結婚式も部署内の全員21人で列席し、大変盛り上がりました。会社でお祝いムービーを作り、恥ずかしながら女装をして職場での新婦役を演じました。乾杯の大役を賜った立場だったので、ご親族は目が点だったのが、悔やまれるところではありますが。

私事はおいて置きまして、nordica様も似たような状況かとお察しします。新郎新婦が同じ職場であれば、同僚達は全員呼ばれるであろう、と思っておりましたし、それを留守番を出さなければいけない…となると、人選は大変でしょう。
呼ばれる側の参列したいモチベーションに、多少なりとも差があるはずですが、それを新郎新婦が判断するのは、危険かと思います。やはり入職同期を中心に決めるのがベストだと思います。新郎様にとって、本当に9人と12-3人で大きな差が出るのでしょうか？
どうしても出来るだけ多くと思われるのなら、本来の勤務を決める方に決めて頂くとかはできないのでしょうか？

みなさん仲の良い職場だそうで、羨ましいことです。

そんな雰囲気であれば職場全員を招待したいところですが、
現実的には難しいのですものね。
式当日のシフトはやはり決定権をお持ちの上司？のご判断に
お任せすることになるのでしょうね。
こちらの意向を事前にお伝えしておくことが出来るのでしたら、
多少なり考慮して下さるかもしれません。

婚約者さんと意見が割れているそうですが、
お二人どちらかの意向で人選されるものではないとなれば
恨みっこなしのように思います。

2次会は、あんまり気がすすないかもしれませんが、
当日勤務だったの人に対しても、義理が立ちますし、
この辺で、よべなかった人へのフォローができるのでは？
呼ばれた人も、ほんとにお祝いしたい人なら、参加してもらえると思いますが、
2次会になるとそうでもない人は、断りやすいと思うので、
その辺で、みなさんに、義理がたてると思いますよ。
面倒かもしれませんが、以前、2次会をされた方に、
幹事さんなどをどうされたか、アドバイスしてもらったら、どうでしょう？

上司の方、良案を出してくださって有り難いですね。

二次会の予定がなかった点はたしかに新たな難題ですが、
割り切って職場限定でもいいでしょうし、
古い親友さん他、するなら誘いたい方がいれば
声がけされてみるのはいいんじゃないでしょうか。
なんで誘ってくれなかったの～と後で残念がられるよりいいと思いますよ。
時間がタイトでも、中には参加したいと思ってる方がいらっしゃるでしょうから。