家庭のお金の管理に関して　共働きなのに男が多めに入れるべきなのか

元々奥様と話し合い、双方納得した故の額であれば何も問題ないと思います。
問題は、なぜお義父様が同額を入れていることを知っているのか、かなと思います。そんなプライベートな話、家族であっても世帯が違えば教えません。(個人的に)
奥様はこの件について何とおっしゃっていますか？

結納金を~の話ですが、貴方が結婚する際に出した費用は義両親様はご存知なのでしょうか？もし存じ上げないのであれば、奥様を通して話して頂ければいいですね。結納の代わりに支度金を負担したんだよ、と。
と、言いますか、結納金を断るとは義両親側が断ったんですよね？
夫実家から妻実家に結納金を渡す事になるので、それを義両親が断ったのなら、お義父様の仰ってる事がイマイチ理解できませんが。。

奥さんは、同額入れることにちゃんと納得しているのでしょうか？
2人で話し合って納得しているのであれば、奥さんがご両親から聞かれても適当な返事をして受け流すことはできるでしょうし、何故わざわざあなたの立場が悪くなるようなことをご両親にバカ正直に話すのかわかりません。
考えられる理由としては、結納金のことや、生活費の出し方について奥様自身が納得できてないのではないでしょうか。
一度、奥様と腹を割って話す必要があると思います。

食費や住居・保険のお金にもこと欠いているとか妻が自分のものも買えずみすぼらしい危機的な生活を強いられている…ようなことでもない限り、いくら割合で入れているなんて普通別世帯の義親にはわかりませんよね。あなたに不満を持つ奥さんから話が流れているのではないですかね。
「結婚するのに費やした費用」が何でそこまで差が開いたのかは分かりませんが

そんなん無視でいいです、
夫婦の問題に何故親が命令するのか。
それより妻はなんと？
こんな理不尽な連絡、実子である妻が、シャットアウトして、あなたには父から連絡できないようにするべきです。
妻が「父の言うこともわかる」と思ってるなら、
結婚の価値観が違うので、
結婚自体、かなり不安視するべきかと。