婚姻することについて

こんにちは。
私も入籍当時～しばらくは別居でした（二人とも同じ市内で私は実家/彼は県外出身のため一人暮らし）。
ずいぶん前なので記憶がおぼろげですが、入籍の手続き自体は特に問題なかったと思います。
ネットで「別居状態での入籍」などのワードで検索すると色々出てくるので参考にしてみてください。
お互いが同じ自治体に住んでいるのか別の自治体かでも話が変わってくるかもしれません。
.
調べてみて、自分たちに当てはまるかどうかなどわからない・もっと具体的に知りたいことがあれば、市役所の婚姻担当の窓口に質問されると良いと思います。
婚姻届を提出する時だけでなく、質問や婚姻届の記入内容・添付書類のチェック（後日提出したいが漏れはないか見てほしいと言ってください）なども受け付けてくれます。
質問したいことをまとめて行くとスムーズだと思います。
.
私たちの場合は主人の本籍が県外（出身地）のままだったためそちらに書類を取りに行く必要があることを、窓口で教えてもらって初めて知りました。
記念日に提出したいと考えていたので、事前に教えてもらえたおかげで余裕をもって準備ができ大変助かりました。
.
また話は変わりますが結婚して奥さんをご主人の扶養に入れるということになると同居でないと不可・別居でも条件により可など、会社ごとに決まりが違うと思います。
そのあたりは会社に確認すると良いと思います。
（ちなみに私の場合は「別居でも条件により可」でした。これも詳細は覚えていませんが何か書類を出したような気がします）
.
記憶がおぼろげなため具体的な回答でなくて申し訳ありません。
結婚の際には手続きがいろいろありますが、市役所で質問しながら一つずつ済ませて行けば大丈夫です。
頑張ってください。応援しています。