会場の天井が3mです。少し低かったかなと悩んでいます。

天井が低いとの事で、指摘されたとか、参列する側だった私でも、あまり感じた事はなかったです。
気にする人は気にする人もいるかと思います。
天井が低いのを、コーディネイト次第でどうにかなるものではないかと思いますよ。
その会場の最大の収容人数を半分くらいにしてとかでないと解消されないと思います。
広々とした空間で活かさないと、あまりにもぎゅうぎゅうだと、参列者としても、天井も低いし、狭いしで、全く広さにゆとりがないなぁってなるので、高さより、広さで考えると良いかもしれません。

自身も式を挙げ、友人の結婚式にも参加したことがあります。
ですが、天井の高さを気にしたことはありません。
式場探しをする上で気になった点といえば、
どちらかと言えば柱や広さです。
とあるホテルの式場で、40人規模で開催したいと伝えたところ、40人ギリギリ入るか入らないかの会場で太い柱が数本あるところを紹介されました。
正直閉塞感を感じたのでお断りしました。
もしどうしても気になるようであれば、

式当日は花婿花嫁共、お色直しやらでバタバタしてますし、ゲストもお料理やお喋りに夢中です。
正直会場内はあまり気にしてる余裕がありませんでした。
会場は清潔で適度なゴージャス感もあれば、ご満足されると思います。