手作りお菓子のプチギフトの是非

なし！
衛生面も考慮しないといけないし、手作り自体がNGな人もいます。
普段仲良し友達に配るならともかく、結婚式の二次会で新郎の従兄弟という立場なら、招待客に面識もなしなので赤の他人。
赤の他人の手作りを配るなんてダメでしょう。
パウンドケーキを販売してるプロでもないのですよね？
さらに言うなら、従兄弟の好意だとしても材料費の負担にお礼にいくらか包むのが礼儀なので、結局普通に買う方が安いです。

手作りは無しです。
食中毒でも発生したらどう賠償責任とるのですか？
運搬、保管時の温度管理はできますか？
だから大多数の会場は手作りの食品は禁止なのです。

ないです。

先にご意見が出てる通り、何かあれば新郎新婦にも責任が問われるます。
二次会の参加者×保証代(最低3万から)を事前に従兄弟から頂き、何もなければ全額返金で提案してみてはいかがですか。

まただれの結婚式かよく考えて貰うよう、従兄弟&旦那様に考え直す必要があります。

それに親戚の結婚式参加でご祝儀払わないとか、通常の考えでは理解し難いものです。その事は従兄弟の両親はご存知ですか。自分の息子がお祝いの席で非常識行為を行おうとしていれば、注意するかとおもうのですが……。それでも拉致があかないのでは、各両親に相談する方がいいと思います。

あり得ないです。
新郎新婦の手作りならまだしも、ゲストとは関係ない新郎従兄弟の手作りは、もらったゲストからしたら迷惑だと思います。
ご祝儀払いたくないのなら、参加していただかなくていいのではないでしょうか。
食中毒などあった場合に責任が取れないですし、手作り自体が苦手な人も結構います。
彼には、「式場によく確認したら、既製品の持ち込みはOKだったけど、手作りの物は持ち込み不可だった」とでも言ってもらって断ってはいかがでしょうか。