招待するのに悩む事情

>後々の付き合いがどーなるかは……といったところです。

というのは、A子さんとナナさんの今後のつきあいがどうなるか
わからない（＝付き合いがなくなってもやむ終えないと考えている）、ということでしょうか？

もしそうであれば、二次会から招待するなどどいうことはしなくていいと思います。
むしろその行為は、A子さんに対して失礼だと思います。

逆に、今後もA子さんとのお付き合いを続けていきたいとお考えなら
嫌な先輩が来るから、という理由で招待を断るべきではありません。
ナナさんと先輩とのことはあなた個人の問題であり、A子さんの結婚式には関係ありません。大人なんですから、招待客との確執云々の前に、A子さんの幸せを
ちゃんと祝ってあげましょうよ。

ちなみに私も友人の結婚式に元彼が来ていたり、動揺するようなことはありましたが
それはそれ、友人への祝福の気持ちには関係ないと思い、割り切りました。

トラウマになるくらいに辛いことがあったんですね。
そのときだけ我慢できれば一番良いことですが、
精神的にも無理であれば我慢する必要はないと私は思います。
（病気になったりしたら大変です。。）

Ａ子さんの披露宴には欠席するとしても私だったら自分のときには招待します。
来て欲しくて予定していたのに断念するのは残念過ぎるので。。
ただその時に正直に全てを話すと思います。
自分はどうしても辛くて行けないが、来てくれたら嬉しいなということを。
勿論無理強いは出来ないですけど。
Ａ子さんには自分の事情で行けない事をお詫びして、
お祝いを贈るなどしたら私は理解してくれると思うんですが。。

うまくいきますように！願ってます！