挙式・披露宴に夫婦で招待されましたが御祝いをどうしたらいいか悩んでいます。

連名で招待状が送られてきた、ということは、
引き出物の類はひとつだけ準備されている、ということになりますよね。
それを考えても、別に夫婦で5万円でもかまわないように思います。
（おそらく、だんな様に引き出物袋が渡される…ように思うのですが）

また、新郎側にご祝儀がいってしまい新婦側には届かないことを
心配されていると思いますが、それは相手も承知しているのではないですか？
披露宴の費用負担はそれぞれのご夫婦で違うと思いますし、
5万円の中から折半したり、あるいは負担額が多かったほうに分配したりすると思います。
だからそこは心配する必要はないと思うのですが…。

お友達ともめてしまったのですね。
残念ですが、きっと他にも火種があってもめてしまったのか、
詳細はわからないのでそのあたりはなにも触れないようにします。
（他人にはわからない二人の関係がありますものね）

ただ、せっかく招待してくださった結婚式なのに
お祝いする気持ちが半減ですね。。。残念ですね。
でも、ちゃんと3万円ずつ包もうという気持ちがあったchokoさんはエライなぁとおもいました。

ご夫婦連名でのご招待状をいただいたのですから、差出人の方にご祝儀を
お渡しになればよろしいのではと思いますよ。
おっしゃっているように５万円お包みして･･･

ご夫婦であるのに別々に招待状を送るのはかえって不自然に感じます。

Chokoさんのときはそれぞれいただいているので気になるかもしれませんが、
ご夫婦で出席されるのですから引き出物も一つになると思いますしね。
席次の関係はいろいろあると思いますが、それがお友達の希望であるわけですから
今回はお任せしてみてはいかがでしょう。

どうしてもいただいた分だけお返ししたいのであれば、新居で使えそうなものを
別にプレゼントすることも出来ると思います。

それよりも、せっかくご夫婦ともにお友達であったのに今回のことでつながりが
切れてしまいそうなことのほうが私は気になってしまいました。
ご主人はどう思っていらっしゃるのですか？
できればお目出度いことですし円満に解決していただけるとよろしいのですが･･･

私なら招待状が連名かどうか、よりも、引き出物をそれぞれいただくのかどうか、で判断すると思います。
一人頭相場で3万が夫婦で5万になるのは、引き出物が1つになるからです。
私なら、引き出物をどうする予定か聞いて、１つなら当日は連名で5万包んで、プラスちょっとしたお祝い品を渡すと思います。それぞれならご祝儀もそれぞれで包もうと思います。

もしかしたらＡさんは「２人は別々の席だけど招待状２通はもったいないし１通で良いや！」っておもったのかもしれませんね。
そこをChokoさんに「２通じゃない。これだとご祝儀は連名だし席も一緒とおもう」など相談のつもりが、Ａさんには指摘に聞こえてムカついちゃったのかな？？

でも、私でも連名で１通だけきたら「当日は夫婦一緒の席？？別々？」と悩むと思います。

ご祝儀はやはり引き出物によりますね。
ここは当たり障り無く、夫婦で別々に３万ずつもっていってはどうでしょう？？

もしもそれで、引き出物が一個の場合、後日なにかしら送ってくるかもしれません。
それがあるかないかで今後のお付き合いは考えるかな。

２次会の幹事も引き受けているわけだし、そのお礼があるかないかも今後のお付き合いを考える上では良い判断材料だと思います。

花嫁は自己中心てきになるものです。
普段は思いもよらない言葉を、結婚式のプレッシャーからいってしまうこともあります。
友人ならそれを受け止めてあげるのもよいと思います。

全てが終わった後に、Ａさんがどんな行動を取れるかが、今後の見定めどころだと思います。

引き出物をどうするつもりなのか、
聞いてみたらというご回答があったようですが、
私だったら絶対聞けないですーー^^;
聞かないほうがいいですよ、
ただでさえ曇りマークのchokoさんとAさんの関係ですもの。