結婚式を招待する、会社の方から事前に祝儀頂きました。

ご祝儀が会社として5万
社長の一家（3名）夫婦1袋
息子1袋　

会社から5万円、社長夫婦から祝儀袋1つ、息子から祝儀袋1袋
頂いたでよろしいでしょうか？？
ということでしたら、引出物は社長夫婦に一つ、息子に一つだと
思います。一緒に住んでいても、世帯が別でしたら引出物を二つ
準備します。

会社としてのご祝儀は、会社の慶弔規定によって出ているもの
でないでしょうか？福利厚生になります。
私の会社は、結婚式に招待するorしないに関わらず、一定金額が
出ます。それに対しては、式後にお菓子や新婚旅行のお土産を
配る程度です。

一緒に住んでいても、息子さんが成人されている場合(未婚であれ)は引き出物は社長夫妻とは別で用意します。なので夫妻に一つ、息子さんにも一つですね。
本来なら招待状も別にすべきでしたが、出された後のようですので・・・。

引き出物を商品券で返すことは失礼にあたるので、それはされない方がいいです。

会社からのご祝儀は他の方も仰られているように福利厚生だと思いますが、訊けるようであれば他の社員の方にこれまで冠婚葬祭に関することは社内でどうしてきたかを訊いてみては？
すでに準備済みの引き出物の金額よりも今回頂いたご祝儀の金額の方がかなり上回るようでしたら、引き出物の内容を改めて検討しなおした方がいいと思います。

他の方と同意見です。

社長夫婦に引き出物1つ
息子さんに引き出物1つ

会社から5万は福利厚生なので、
新婚旅行のお土産を配る程度で大丈夫ですよ。

私も祝儀袋ごとにお返しをすればいいと思いますよ。

でも15日前のお祝いですから、当日はご祝儀袋はないと考えていいのですよね。
だとするとカタログギフトのランクアップは良いアイデアだと思いますよ。

なんだか微妙な渡し方で戸惑ってしまいますね。当日下されば考えすぎずに済むのにですよね…。

いろいろ悩むでしょうが頑張ってくださいね。

２回目の投稿です。

ご祝儀から一割返すのはご親族に対してのみでいいと思います。
会社のある地域にそういう風習があるのでしたら現金で一割返した方がいいかもしれませんが、今回はhanayomeさんのご実家の風習のようなので。

前の回答でも書きましたが現金や商品券で返すことは基本的にＮＧです。(地域によっては返すこともあります)

ギフトカタログのランクアップ、会社からのご祝儀に対しては新婚旅行のお土産で充分だと思います。

祝儀は事前にお渡しするほうが、当日、会場で渡すより丁寧ですよ。
1割返しは一般的ではないので不要だと思います。
社長夫婦10万は相場より高額ですね。
通常、5万～7万ってとこじゃないですか？
社長ご夫婦にお車代と謝礼(日当相当)は用意しましたか？
一般的に会社関係はご友人より引き出物をランクアップするので、ランクアップや品数(3品→5品→7品)を増やすでいいと思いますよ～

御祝儀、予想よりも多かったようで、先に頂けてかえってよかったと思います。
（本来、先にお渡しするものですし）
今ならまだ、引出物の変更ができますしね！
私は、引出物より多すぎる御祝儀を当日頂き、しまったー！と思ったクチです。
相手によっては、追加でお礼をお送りしたり、それはそれで大変ですから。

引出物は、社長夫婦に１
息子さんに１

引出物の金額が足りていない分は、おっしゃる通り、カタログのランクアップか
他に何か一品足しても。

会社からの御祝儀については、お返しは不要。

現金でお返しするのは、親族内のしきたりであるのかもしれませんが、
親族以外の方へはNGかと。