どちらの式場(ホテル)がいいか真剣に悩んでいます。

同じ立場なら私でもかなり悩みますね…。

どちらかを選ばなければならないのであれば、遠方から来られる方が一番疲れてらっしゃると思うので、②を選ぶかなあ。

来年４月だとそろそろ式場をおさえておきたいですが、もう少し自分が納得の出来る場所を探してみてはどうでしょうか。

なんとも難しいですね・・・。
①ですが、「椅子も少なくゆっくりできるラウンジもない」とのことですが、
式の前、親族は控室で待機できるので、そこは問題ないのでは？と思います。
ただ、式と披露宴の時間があいているということでしたら、
みなさんが待機する場所は欲しいですよね。
主要な駅から約30分ということですが、
送迎バスやタクシーを手配してあげれば、
移動はそんなに大変じゃないかなとは思います。
二次会については、式場の近くではなく、主要駅の近くで探すかなと思います。

②の場合ですが、なんとかホテル内の神殿で挙式できないか・・・と、
私だったら考えるかなと思います。
それは人数的に難しいということでしょうか？
神社は参列者できる人数に限りがあると思うので、
人数的なことで迷われているなら、聞いてみたほうがいいと思います。
そうじゃなくて好みなどの問題なら、多少は我慢かなと思います。
ゲストのみなさんのことを思うと移動がないほうがらくかなと思うので、
できれば１ヶ所で全部済むところがいいですよね。
あとは費用の問題ですね。

①と②の二択で迷われているということですが、
このふたつ以外の選択肢はないのでしょうか？
ほかの方も言われてますが、もう少し探せる余地があるならば、
ほかも視野に入れて考えてみてもよいのではと思いました。