職場関係は呼ばないことになりました

お祖父様が亡くなってお祖母様の病気が発覚して、精神的な負担を抱えての結婚式の準備つらいですね。心中お察しします。

本題の招待しておいて欠席をお願いするケース、私は聞いたことありません。
挨拶もお願いしている上司の招待を取り消すのはとても失礼ですよね、事情を正直に話して謝るしかないと思います。
上司が転勤しても同じ会社であればどこかで繋がりはありますよ。言いにくいことはきちんと対応しないと後で尾をひくので気をつけて下さいね。

結婚式は一部の親族と友人のみの列席にしてほしいと話が出たということですが、日取りは変えないんですよね？
規模も変わるし、ご主人側とお話して決まったことでしょうか？？

半年先の結婚式の予定がなくなっても
上司は全然構わないと思います。
部下の結婚式への参列は仕事みたいなところもあるので。

難しいのは伝え方ですよね。
私なら、丁重にお詫びをし事情を話し、
披露宴は中止になったとお伝えします。
親族だけで式のみ行うことになったので、お越し頂くのは申し訳ないと。

実際には披露宴を行うんでしょうけど、
披露宴があったかどうかは上司にはわかりませんし、
結婚式自体を取りやめたと話すとお休み等も取りにくくなっちゃいますので、
披露宴の中止、親族のみの挙式、で通します。

近々転勤されるようですし、
それ以上つっこんで聞いてくるくる方はいないと思います。

結婚式は半年後なんですよね。
それならわざわざ予定を空けていたと言うこともないでしょうし、まさか挨拶をすでに考えていたということもないでしょう。
お祖父様が亡くなられたということもご存知でしょうから、お祖母様の件と併せて報告し謝罪すれば何も問題はないように思いますよ。
できれば菓子折りくらい持っていけば印象もいいでしょう。

他の方もおっしゃっていますが、よっぽど親しい間柄でなければ職場関係の結婚式なんて出ないに越したことはないと考えている方が多いと思いますよ。
休みは潰れるし、ご祝儀は包まないといけないし、挨拶は緊張するし、酔っ払うこともできないし…と。
もちろん他が呼ばれて、自分が呼ばれないなんてことはメンツに関わるのでデリケートなことでしょうが。