新郎主賓1人、新婦主賓が2人いる場合どのような流れで主賓挨拶となるのでしょうか。

既に全ての方に祝辞をお願いしたのでしょうか？
なら、haruru426さんのおっしゃるとおりにせざるを得ないですよね。お食事、歓談、しながら聞くことのほうが失礼にあたりますので。
ただ、普通に嫁入りならば、新郎よりも新婦がエライ人を呼ぶというのを、不快に思うご親戚がいるかもしれません。なので、少なくとも新郎側のご両親には了解を得てから…が、いいと思いますよ。

まだ祝辞のお願いをしてなくて、新郎側をたてるのが大事であれば、新郎側のみ祝辞を頂くのも、テだと思います。主賓＝祝辞ではないので、他の方に分からないように、主賓クラスの歓待をするのみ、もありだと思います。

私も同じような感じでした。

旦那側は同業者で私側の来賓が旦那側より目上と言うのもあり、それは旦那の母(片親なので)にも伝えていました。

両家来賓挨拶を主賓旦那側、私側にし、乾杯を私側来賓にしました。
なかなか難しいですよね。
ただ、一度旦那様のお母様にお伺いは立てた方がいいと思います。嫁ぐとしたら、関係性は悪くしたくないですし。