ゲストが宿泊するお宅へお礼をするか

お心遣いとしては素敵だと思います。ですが、ぽよよんさんから、遠方の友人を泊めてくれる友人へお礼の品を渡す、というのは、どうでしょう…「泊めてくれる友人からのお誘い（遠方の友人と、泊めてくれる友人との間で決めたこと）」なので、式当日は泊めてくれる友人へ一言お礼、くらいでもいい気もします。（どちらかが家族・親戚等だったら、また話は別ですが）
泊めてくれる友人とその家族からしたら、ぽよよんさんからお礼をもらって迷惑・問題ということはないとは思いますが、泊めてもらう友人からしたら、知ったら「新婦に気を遣わせちゃった」と恐縮するかも…？
とはいえ正解はないでしょうし、普段の関係の在り方にもよると思うので、いくつか選択肢を考えて、その中で、ベターな方法を選んでみては。

例えば
・相談内容で書かれている通り、泊めてくれる友人の引き出物の袋に、メッセージとともにお礼の品を入れておく。
・式当日に宿泊するなら：お見送りの時等に「遠方からの友人へ、遠くから来てくれたお礼」と、「泊めてくれる友人へ、ゲストが参加しやすくなるよう協力してくれたお礼」の気持ちを込めて、小分けにできるお菓子等を、二人一緒にいるところで渡す（「お泊りの際に、遠方からの友人と、泊めてくれる友人と、泊めてくれる友人の家族　とで是非シェアしてね」と渡せればスマート？）
・式翌日以降、遠方からの友人に連絡、遠方から来てくれたお礼と「無事に帰れた？」と確認→友人宅の宿泊はどんな感じだった？と様子聞いてみる→「こちらからも、泊めてくれた友人のお家にもちょっとしたお礼をしようかと思う。手土産は何か持って行った？お菓子等ならかぶらないようにしたい」とさらっと話して聞く→泊めてくれた友人宅に２～３千円位のお菓子等を送る（送迎・家での食事・その他何か特別にお世話になったことがわかれば、４～５千円くらいのお品でも）

など…
あまり思いつかないのですが、いい方法で感謝の気持ちを伝えられるといいですね。