一度招待した職場の上司を、呼ばないのはアリですか？

・時期による（時期が近いほど招待の話を取り消しにくくはなる）
・新婦から上司への誘い方による（「ご招待させていただくかも」なのか「是非いらしてください」なのか）
・新婦が上司を招待したい気持ちはどのくらいか？新婦の同僚は呼ぶのか？にもよる（同僚はどうしても呼びたい、だと、上司だけの招待取り消しは角が立たないようにする必要あり）
・招待状を出したかどうかによる

「新婦が自分の上司には是非来てほしいと思っている、新婦の上司も喜んで出席してくれそう、お互い楽しみにしている」という雰囲気なら、そのまま新婦の上司はご招待でもいいのでは、という気がします。
新郎側の職場のゲストがいなくても、新郎の同僚から祝電やメッセージを一言いただければそれと合わせて業務上（商売繁盛…？）来られない旨、司会に読み上げてもらって、新婦の上司にも「新郎の上司は来れなかったのだが…」と前置きして「感謝の意」を伝えるなどすれば、失礼にはあたらないのでは。
（新婦側は上司同僚がいるのに、新郎側は来ていないと、新郎の仕事・人間関係はうまくいっているのか、と心配する人もいるかもしれないので、何か一言フォロー・説明がほしいですね）

もし、（新婦は「新郎上司が来ないなら自分の上司は呼びたくない」という気持ちだったり）新郎上司が来るから、新婦上司も人数合わせに形式的に呼ぶという話だったのなら、「新郎上司が業務の都合で来られなくなり、その他いろいろな事情を鑑みた結果、親族などだけで行うことになった」等理由とお詫びの文言を考えて、早々に新婦上司のお誘いの話を取り消したほうがいいと思いますよ。
よく新婦と話し合ってみてくださいね。

素敵なお式になりますように。

後から予定が入ったのかも知れませんが、
結婚式は何ヵ月後ですか？
全員出席しないといけない総会ってあなたは出席しないで大丈夫なのですか？
出来るなら結婚式の日取りを変更するのがいいかもしれません。

会社によって結婚式の招待する場合の慣習があると思います。
まずはそれを確認してはいかがですか？
あと会社の方に主賓挨拶や乾杯をお願いする予定だったでしょうから、そこをどうするかですよね。
新郎側の会社関連が来れないからと言って、二人で新婦側を決めずに新婦両親の了解をとって下さいね。
新郎新婦のお金で結婚式を挙げたとしても、両家両親に了解をとらないといけないことは多々あります。

追記です。
すみません、日程変更出来るか確認したのは全員が出席しないといけない総会があるような会社だからです。
冠婚葬祭が優先される意識はあると思いますが、親戚の結婚式なら自分たちではどうしようもないことですが、結婚式を開く人間なら、日程変更出来ますよね？
もちろんショックだろうし、思い入れがあって決めた日付だと思います。
例えば身内に病気の人がいて、晴れの姿を生きているうちに見せてあげたいんです！
とかなら、幹部クラスにもその日付って言いやすいと思いますが、そうではないのでしょう？

結婚式は１日で終わりますが、会社にはその後も勤め続けるのでしょう？
総会の日に結婚式を過去に挙げた人がいるかどうか確認しましたか？
してないなら、まず確認して下さい。
会社の雰囲気ってやはりあります。
総会の日に結婚式をして休んでも大丈夫な会社ですか？
悪い意味で幹部に名前を覚えられるような会社ではないですか？

一度招待しておいて呼ばないのは大変失礼であることは間違いありません。

なので、本当に招待しないのであれば、誠心誠意おわびするようにしましょう。

その上で、理由としてですが、そのままお伝えするのが一番良いと思います。

例えば、
「新郎側の会社の方たちと一緒にお呼びするつもりでしたが、新郎側の方が全員来られなくなってしまいました。
ついては、新婦側のみ会社関係の方をお呼びするのも、釣り合いがとれないと両家の両親も申しております。
お声をおかけしておきながら、大変失礼で本当に申し訳ないのですが、
内輪の身内のみの披露宴に変更したいと思いますので、どうぞご容赦ください。
なお、ご迷惑をおかけしましたので、お祝も辞退させていただきたいと思います。
本当に申し訳ありませんでした。」

とお伝えしてみてはどうでしょうか。

とにかく、新郎側と釣り合いが取れなくなった、
身内のみの披露宴に変更した、

このことを伝えれば、きちんとした理由にはなると思います。

迷惑をかけたので、お祝も辞退すると添えれば、非常識とまでは思われないと思います。

ちなみにですが、職場関係の結婚式は、ほとんどの場合皆さん義理で行かれますので、
招待されなくなっても、ガッカリする・怒る方は、実はあまりいないと思います。

なので、誠心誠意おわびしたら、それほど気にされなくてもいいと思いますよ。

女性側は、「このような事情で女性側が10人何十人単位で多い披露宴をするわけにいかないので、新郎側を立てるため規模を縮小しました」ときちんと謝れば問題はないと思います。ただ皆さんもおっしゃっていますが、体裁以前に重要な総会の日に自分の結婚式なんか入れてしまって大丈夫ですか？

体調不良や身内の不幸病気でもあるならともかく、これから出世ルートや配属が決まる20代で全社イベントの日に結婚式で欠席ってまずいと思いますが。
こういう時代なので私生活を犠牲にしてまで会社一筋になる必要は無いけど 、さすがに若者の微笑ましい失敗としてうけてもらえるレベルではないしあと後の人事考課にも関わってきますよ。