友人へお花を渡すタイミング

①で問題ないと思います。私は新郎側で出席することが非常に多いのですが、新婦さんが自分のご友人に特別にプレゼントを差し上げることは多いですし、披露宴や二次会に尽力された御礼かもしれませんし、全くなんとも思いません。
④は妹さんの負担がお気の毒です。ビュッフェでバタバタしている時にスタッフに頼むのも不安なので③はどうかと思いますし、②は皆の前で渡していることに変わりありません。

直接お渡しされたい場合は、メッセージカードに披露宴後に残っていただくように記載をしておいて、お開きの後に渡す方法が、人を介すことがないので一番スムーズだと思います。

それから、バツイチの従姉妹に限らず、「早く幸せになって欲しい」ということを伝えるのはやめた方が良いと思います。２９歳といえば、ご友人も結婚を相当意識している微妙な時期だと思います。
結婚を意識していない人にとっては余計なお世話ですし、結婚を意識していてまだ結婚していない人にとっては、新婦さんはとても羨ましい存在ですから、ちょっと上から目線の意見と感じる人も多いのではないでしょうか。「いつもありがとう、これからもよろしくね」と言って渡すのが一番喜ばれると思います。

どんな形にしても、お花がプレゼントされている人とされていない人が
分かるような受け渡しは、出来るなら避けた方が良いと思います。

後日、引き出物と一緒に添えられても良いのでは？
どのような気持ちで相手にお花を贈られたのか、一言お手紙をそえられてはどうでしょう？

従姉妹さんには、相手の心の中も考えて、相談に書かれたような
具体的な事は言わすに、気持ちとして贈られたら良いと思います。

個人的に、お花をいただくのはとても嬉しいですがその花嫁さんの想いをもろに知っちゃうとプレッシャーかなぁと思います。
お花には幸せのお裾分けの意味がありますが、なんと言いますか...友人たち皆さんに色々な幸せのカタチがあると思いますので、このお花は"特別な感謝"ということでお渡ししたらいかがでしょうか。
渡し方ですが、披露宴後、控え室にお呼びして花嫁さんが直接手渡すのがいいかなと思います。
①は、悪気なく「アレ何かしら♪」となりそうです。
②歓談時に直接渡せるのか心配です｡
③直接渡したいですね！
④上と同じ
です！