挙式だけ招待で不満に思うかも

挙式にお招きするのはやめた方が良いと思います。
友人の中で、呼ばれる人と呼ばれない人がいるという図式が生まれてしまうのは、とても失礼だと思います。披露宴に行く人の流れに逆らって、式場を後にするのは後味が悪いです。
親戚を理由として参加できないとご説明されたのであれば、尚更やめた方が良いと思います（いずれにしても二次会でばれてしまうと思いますので、がっかりされると思います・・・）。

食事のプランは素敵だと思いますが、その分、早く出かけなければなりませんので、ご予定などをお伺いして、お食事が必要かどうかも確認された方が良いと思います。
お食事がいらないのであれば、少なくてもお車代は出した方が失礼がないと思います。

挙式だけよばれるなんて私なら辛いです。
というより二時間かけてしかも新幹線にのるほど遠い方を二次会にお車代なしで呼ぶのは、ちょっとどうかと思います。しかも披露宴が行われているような時間帯に食事だけ招待されるというのも正直あまり良くない気がします…

今からでも二次会に来ていただくこと自体辞退されることも検討してみてはいかがですか？
ご友人もホッとなさるだろうし当日披露宴によばれてる友人と呼ばれてない友人がいたってことがわかると傷つくしその後の付き合いにも影響するかとおもいます。

私の場合も
二次会だけのために遠くから友人に来てもらいました。
（ちなみに広島から神奈川まで来てもらいました）

本当は披露宴も参加して欲しかったのですが
人数の関係で断念せざる終えなくて・・・。
（その方一人ならまだしも、他の方も一緒に呼ばなければいけなくなり、人数が１０人以上増えてしまうので無理でした。。）

でも事前に丁重に申し訳ない気持ちを伝えたら
「気にしていないから！是非参加させてもらいます！」と言って貰えました。
当日もちゃんと「ありがとう」の気持ちを伝えたら分かってくれると思います。
（私の場合、片道＋α（気持ち程度）の交通費は出しました）

お気持ちは分かりますが、無理に挙式だけ呼ばなくても大丈夫だと思います♪

ちょっと思ったのですが、二次会までの間のレストラン代を出そうと思ってらっしゃるようですが、二次会でお食事は出るんですよね？
それならば、交通費として「少しばかりですが・・・」と現金を送られたほうが私なら嬉しいなと思いました。参考までに。。

親戚がいっぱいで会場の問題で二次会だけの招待になる
とお話されているようですし
その上で、来て頂けるようですから
二次会からの参加だけでも良いと思います。

二次会までの時間も、レストランの手配をされているのですね。
そのあたりの気遣いもされているようですし
不快な想いはされないかと思いますよ。