彼の両親が別居婚に反対

入籍する前にひとつ自分の気持ちに問いかけてみてください。
今の状態で来年9月に入籍する必要性がほんとにあるかどうか。

また週末婚の形態の実践をよく考えてみてください。言葉で書くと簡単にみえるけど新幹線で毎週一時間半の往復。そーとーしんどいですよこれ。お金も半端なくかかるし。

婚約だけで、あとは彼が都内に帰ってきてから…ということではだめなのでしょうか？

女性だけ退職を求められるというのは理不尽だというお気持ちよくわかります。
ただ、そこで収入も高いしやりがいもあるしみたいなことは、彼、彼両親には言わないでくださいね。彼より仕事が大切と言っているようにきこえてしまいます。ご両親の心配、反対の理由も実はここではないかと。
ここでご両親、彼を説得するポイントは責任感だと思います。

結婚してからの女性の再就職はこの不況の折大変難しい（これは本当です！資格職でもすごい苦労しました。どうせすぐ妊娠して辞めちゃうんだろ？と思われるので。）また今辞めると会社に迷惑がかかってしまうので今のところで続けさせてもらえないかとお願いしてみるのです。なるべく直に会ってお話されたほうがいいと思います。

その上で彼のことは仕事より大切に思っている、彼の負担を今は増やしたくないので今は働きたい旨をアピールしてみてはいかがでしょう。（実際赤ちゃんが生まれるまでは共働きで貯金をしたほうが彼の負担も軽くなりますよ。）

あとはハナミズキの花様のお気持ち次第です。今にして思うことは仕事は気持ちさえあれば形をかえても職場をかえても続けることはできます。彼は代りがいないです。
私の場合、3年同棲で結婚しましたが、同棲中は私と彼の仕事のシフトがまったくかみ合わず、家庭内別居状態。毎晩帰っては彼の寝顔をながめつつ、これじゃあ意味がないなあと思って私が結婚後、職場を変えてシフトを合わせました。今はこれでよかったと思っています。前よりかなり仕事の条件は悪くなりましたが、家庭内のストレスが無くなって、幸せです。彼に対する愛情も家族に対する愛情に移ってきましたが、切っては切り離せないものになりつつあります。

なんかまとまりつかなくてすみません。仕事、彼、両親それぞれに対する自分の気持ちをよく考えた上で納得のいく形になるよう、お祈りしています。

私と同じ状況なので、コメントしてしまいした。私も秋に結婚式と入籍をする予定ですが、新幹線で一時間半の遠距離恋愛です。私は仕事を辞めたくないし、彼も数年後に全国転勤で、こちらに戻って来るかもしれないしで、当面、現状維持の予定で、隔週週末婚の予定です。やはりお金も独身の時より増えることもないので、二カ所の家賃と生活費と交通費。苦しいですが、頑張るつもりです。隔週週末婚を続けてみて、無理があれば考え直すつもりです。ご参考までにコメントしました