仕事関係者の席を後ろにするのは失礼？

主賓が上座ですので、例えば主賓を立ててなくても乾杯の挨拶を仕事関係の方がなさるんであれば、通常通り上座に座って頂く方がいいです。
あと、相談者様や彼が仕事関係も友人とみなしてらっしゃるのは良いとして両家家族親族が席次見た時に違和感に感じるかもしれません。
気持ちはわかります。私も仲良い友達に近くに座ってもらいたかったので。
よくよく彼と話し合ってお決め下さいね。

以前職場の先輩の結婚式に参列しました。
社内結婚の為、職場の招待客が1番多かったです。
(職場だけで４テーブルありました。)

私は新郎新婦ともに仲が良かったのですが
一番前の中央テーブルでびっくりしてしまいました。
年齢や役職ではなく、職場の仲が良い人達で中央テーブルを埋めていました。
新郎新婦を１番間近で見れてそれはそれで良かったのですが
後日、参列していた私より年上の先輩に
「あの子たち、席次マナー知らなかったのかな。常識ないよね」と愚痴られてしまいました。

仲の良い友人たちに座って欲しい気持ちは、私も結婚式を挙げた立場なのでとても分かるのですが
ある程度結婚式に参列した事がある方であれば、席次に違和感を持たれるかもしれませんし
職場や親族の方にはもしかしたら悪いイメージを持たれるかもしれません。

歓談時間を長く設けたり、各テーブルをまわる演出などで
友人と話せる機会は増やせると思いますので、タイムテーブルや演出を工夫してみては如何でしょうか??

皆が細長いテーブルに並ぶ形式とかざっくばらんなパーティーならともかく、席次は一般的にしたほうが良いとは思います。同僚後輩と言え、やはり「仕事関係者」ですから大人のけじめやわきまえも求められます。このコロナ時期にわざわざ服装を整えてご祝儀を持って職場から出席してくださる方々に対してあまりにもまずいのでは。「友達と近くでおしゃべりしたいなら、わざわざこちらを呼ばなくても…」と誤解されてしまったりしないでしょうか。
友達とたくさん話したいなら、友達だけの軽い二次会や飲み会を設けるとか他の方法があると思います。親御さんも参加する場合は、親世代が確認しないの？と恥をかいてもいけませんし