お祝いを渡していないイトコからの結婚祝い

お祝いは、その人の気持ちなので、喜んで頂戴して半額程度の内祝いをお贈りしたらいいと思います。
今さら、その方に結婚祝いをしたり、出産祝いをするのも不自然ですが、お祝いをお断りするのも失礼かと思いますので、内祝いをすればいいと思います。
今後は、年賀状のやり取りをしたり、ご実家に帰省した際にタイミングが合えばご挨拶をする、今後いとこの方にお祝い事(出産や入学など)があった時にお祝いをお渡しする程度でいいと思いますよ。
お祝いを頂いたから、無理に付き合いを密にする必要は無いと思いますし。
私は、出産した際に祖母の友人(私は直接面識のない)からお祝いを頂きました。
それも、複数人から。笑
その方達は家も近所でよく祖母のところに遊びに来ていたようなので、里帰り出産で実家に滞在している間に、内祝いをお渡しして子どもの顔を見せ、挨拶しました。
それからは、帰省した時にその方達が祖母のところに来た際には子どもと一緒に挨拶をしています。
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いとこの方は、あなたからお祝いを頂いたとか頂いていないとかに関係なく、純粋にあなたの結婚をお祝いしたいと思っての気遣いだと思いますし、ありがたく頂戴して内祝いをし、もし今後いとこの方が出産したり、お子様の入学などの何かのお祝いの際にはお祝いをお渡しする形でいいと思います。