お車代を辞退されたら

まずは来てくれてありがとうとメールでも手紙でも改めてお礼の連絡をすることと
代わりに後日、式の写真と新婚旅行のお土産を送っても良いと思います。
お互い時間があるなら、自分達２人でその遠方の友人宅をお土産持参で訪ねて食事に誘うなどしてもその後の交流に繋がりそうです。
私もそういう事がありましたが、せっかく来てもらって嬉しいので、品物や一緒に過ごすなど代わりに感謝を伝えると相手も身構えないでいてくれると思います。
変に遠慮など無く、ご友人に御礼の気持ちが伝わるといいですね。

ご結婚おめでとうございます。　私は、式の始まる前に両親からお車代（全額現金）と手紙を添えて渡してもらいました。
理由は、結婚した先輩たち（友人・知人）に「結婚式にしておけば良かったこと」また、友人の結婚式に行き「して欲しかったこと」を聞くと圧倒的に「お車代（全額）」でした。
遠方から来られる方にお財布にやさしく（負担がないよう）喜んでいただきたいと思いお車代（全額現金）を用意しました。
遠慮してた友人も急遽1泊して翌日観光をして帰ったとお礼の言葉をいただきました。