式場との契約後だと、ゼクシィ等での割引プランは適用して貰えませんか？

おそらく無理でしょう。
１月に決めたというなら、半年以上前なので、好きな日程を選べます。
逆に言うと、今決める人は空いている日程でしか選べます。
空いている日程を式場が埋めるために割引があります。
挙式日と契約日が近いほど割引率は上がります。
挙式まで３ヶ月切るお急ぎ婚プランとかは割引率は凄いですよ。

１月に契約して、秋ごろだと、トップシーズンにもなりますし、
今からでは割引となると難しいのかもしれません。
成約する前に、値引き交渉すればある程度割引して貰えたのかもしれませんが・・・。
少しでも安く挙げたいのであれば、日程を早めて、仏滅や、日曜に日取りを変更とかすれば何とかなるかも。

ゲストハウスに勤めてた子に聞いたのですが、時間とか日程がかなり限られてきたような状況で、安くする事はあるようです。

しかし、雑誌とか宣伝に出してるような割引きの多くは、なんとかして他で埋め合わせさせるか、厳しい条件を後づけして割引きを無くすように、指示が出たそうです。全部の式場がそうじゃない、とは思いたいですけどね。目先の雰囲気づくりの割引き宣伝はあリえると思うので、あんまりこだわらないほうがいいかな…と思います。

タイミングですね。
いつ頃の契約かわかりませんが、
今年に入って埋まっていない日にちに対して割引をかけているわけですから、それは無理な話です。
自分たちにとってかなりお高めで
割引してもらえるとかなり有難いという話を正直に
式場の営業orプランナーに話していれば対応してくれたかもしれないのに人生の勉強料ですね。
ドレス、司会者、装花、撮影
色々な場面で式場のマージンがかかっている料金
ということもお忘れなくね。値上がりするのはこれからですよ。