持ち込みをすると特典が全てなくなります。

地域の消費者生活センターか、法テラスに、同意書ごと持ち込んで、相談なさったほうがいいと思います。

契約書というのは、ある程度絶対なんですが、同意書や誓約書というのは、法的拘束力が違うはずです。

特典が全てなくなるというのは、ドレスの割引がなくなるということですよね？
式場の提携のところからレンタルせず、提携外から持ち込めば割引がなくなるのは当然では？
式場も自分のところだから割引できるのであって、他のレンタルショップのドレスまで割引できないですよ。
トラブルがないように電話で確認しました。担当者に確認しなかったことがトラブルになってしまったとありますが、担当者以外の方がきちんと割引がなくなることを説明してますよね？

確認したのに後からそのようなことを言われるとは辛いですね。
消費者センターに相談されるとのことですが、そもそも着たいドレスもなく、あとから特典が全てなくなると言ってきた式場で、このまま一生に一度の結婚式をお任せして大丈夫ですか？
消費者センターに相談して、仮にドレス以外の特典が適用されるようになったとしても、トラブルになった式場で、そのまま結婚式を無事に終えられるのか気になります。
当日になって、ドレスは持ち込みだからまともに着付けしてもらえないとか、お料理が違うとか、聞いていた通りの進行じゃないとか、その式場だと起こり得そうで心配です。
消費者センターに相談される前に支配人などの責任者とお話しされてみてはいかがでしょうか？
いきなり第三者を挟むと式場側の態度も固くなる場合がありますし、場合によっては式場から契約破棄される可能性もあります。
責任者にお話しして(できれば男性の方がよいと思います。)それでも特典をなくすと言い張る式場であれば、キャンセルして新たに式場探すことを考えられた方がよいのではと思います。
大金を伴う契約であり、ましてや一生に一度の結婚式ですから、信頼できる式場、プランナーで、新郎新婦はもとより、ご両家のご家族、来てくださるゲストの皆様が安心して過ごせる結婚式になりますように。

消費者生活センターでは、先方が悪質である、とか、同意書の記載内容は先方の主張と合致しない、という判断が得られたということでしょうか？

であれば心強いですね。
私なら、ICレコーダー持って行きます。言った言わないの水掛け論が一番、時間の無駄だと思うので。