ゲストにとって、どちらがいいのでしょうか

私だったら、①です。
旅費・ホテル代を負担してくださるのなら、助かります。

それにしても、披露宴を二度やると一方にか参加しない
ゲストは、相手側の親族と会う機会がなくなってしまい
ますね。披露宴は、新郎新婦の紹介以外にも、お互いの
ゲストの交流の場でもあるので、それがないと残念です。

東京から飛行機で2時間の距離(南九州)に実家がある者です。
出身地と相手方の土地とで披露宴を2回行う文化もあると聞いてはいますが、私の周りはほとんどないです。(取引先と身内に結婚式場の人がいるからやむなく2回挙げた人がいると聞いたくらい) 身内は頑張って東京2回・名古屋2回・大阪1回と移動しました。地方住まいゆえに都会に嫁いでしまうことも珍しくないので仕方ないと割り切るというか。
私の両親は旅行嫌いなので真夏やGWに結婚式が入ったいとこたちに対し文句を言ってました。反対に旅行好きな伯母は私が伯母の地元で披露宴を行うと知った際はがっかりしたそうです。だから移動が苦かどうかは人によるのかなと思います。
地元で披露宴の際はお色直しをしないと書いていましたがそこがひっかかりました。私の地元は花嫁の衣装3着も当たり前、職場の人や両親と親しい人も呼ぶからゲストも多い、引き出物は大きく重い方が喜ばれる傾向にあるので意外と高くつきます。友人ならご祝儀2万でもOKですし。まだお若いので披露宴に出席したことも少ないと思うので、地元の慣習や文化を確認した方がいいですね。
ゲスト60人の旅費とホテル手配は金銭的負担がかなり大きいので2回挙げたくなる気持ちもわかりますが、私だったら披露宴の準備が大変なので「遠くから申し訳ありません」と添えて1回で済ましてしまいそうです。家族も2回付き合わなきゃいけないので精神的に結構疲れちゃいますからね。弟の結婚式当日は親族に頭を下げっぱなしで緊張しました。

来て頂きたい方に足腰の悪い方がいるかどうか、ご年配の方がいるかどうかではないでしょうか？
祖父母世代だと、普段元気でも長距離移動は体に負担がかかったり、東京のような人混みに行くのは難しい場合もあります。
どうしても花嫁姿を見せたい祖父母のいる友達は祖父母の行ける範囲を聞いて、式場を決めていましたよ。
それによって、①か②か決まってくるのでは？

あなたの妹さんなら、お若いですよね？
東京までの６０人の交通費、宿泊費やお色直し三回にさらにイベントとなると相当なお金ですが、ご両親が払うのでしょうか？
式の時間帯によっては着物の着付け代金や髪のセット代金も負担しないといけないのでは？
うちは招待した親族にかかる金額は結婚する本人負担が慣習だったので、両親より援助はありましたが、13人の親族プラス主賓だけで新幹線で1時間の距離ですが、100万近くかかりましたよ。
遠方から招待する親族にシティホテル以下のランクの招待なら、失礼にあたりますし。
６０人の招待客のうち親族が少なく、友達が多いなら招待客の見直しをした方がいいですよ。
そして現在、見積もりだけでしょうが、式場の見積もりより軽く100万は多くなる場合が多いですが、それでも大丈夫ですか？

②になった場合はせめて東京のお色直しを１回減らして、お色直しを実家の方でもしてはいかがですか？

基本的には１です。皆で集まることに意義があるので、お車代・宿泊費負担していただけるなら１です。

ただし、前の方も書かれているように、高齢者、足腰の不自由な人は来られないでしょうし、乳幼児がいたり、要介護や病気の家族がいて、泊りがけで遠出をするのが難しい人もいるので、より多くの人に参加してもらえるのは２だと思います。
実家方面を訪問するいい機会になると思います。