まだ悩んでます。

ご両親はなんと仰ってますか？
親戚の中でもしかしたら決めているかもしれませんし
決まっていなくてもご両親に聞いてから決める方が良いと思いますよ。

私は宿泊費を出すので親に相談し交通費は片道分のみにしてもらいました。
切符を招待状と一緒に送付し電話で
「片道だけで申し訳ありません。宿はこちらで用意しております。」
と伝えました。
親の方からも一言「片道だけでごめんね」と伝えてもらえたので
気を使いすぎる事もなくスムーズに出来ました。

片道分程度の負担が妥当かと思います。
私は何千円という端数は切り上げて、
（もしくは１～２千円なら切り下げて）
１万円単位でお渡ししました。

ご親戚ですので、事前にご両親の方からお話してもらうのが良いですね。

私の場合ですが…
両親に相談し、親の援助ありですが全額負担することにしました。
式は熊本で行い、親族は東京と新潟で合わせて10人位になるので…
親戚もかなりお金がかかる事は知ってますので、安いセットプラン(宿泊と航空券)を探してそれで来てもらう事が決まっています。
静岡まではどのようなプランがあるかわかりませんが、鹿児島→東京間のプランを併用したり、新幹線のプランを調べたりしてみたらいかがでしょうか？
全額は無理にせよ、半額を負担するのがマナーと言われています。
やはりご両親に相談してみるのが一番だと思います。
安いプランを使うにも出発時間等ありますし、半額負担にするにしてもやはりご両親から一言言ってもらう方が良いと思います。
一生に一度の事ですから、お金の事でギクシャクしたくないですしね。

九州から静岡は結構遠いし、時間かかりますよね。
あなた様の挙式開始時間は何時ですか？それによって前日泊、当日泊かも決まってきますし。

乗換え案内でまず検索してみては。それが正規の値段と所要時間です。

ちなみに鹿児島→三島で飛行機だと45000円で5時間、新幹線だと25000円で8時間でした!片道です…。
岐阜は新幹線だと7000円で2時間。

鹿児島の方の負担がハンパないですね…。

岐阜の方には半額分をお渡しすれば充分では。

鹿児島の方には、私なら自分で探して格安な(切符+ホテルプラン)を申し込みしちゃいます！正規よりもかなり安くすみますし。
逆方向になりますが、成田発→鹿児島の往復航空券つきホテルプランが以前、五万円弱くらいでした。とすると鹿児島→東京もそれくらいかな…と。東京→三島も遠いですけどね。

または、全額負担が無理なら、鹿児島の方には「ご祝儀はいりません」といってみては。