交通費の話で返事がこない

お忙しいだけではないでしょうか?
または、上司の方という事なので、部下に交通費を出してもらうのも・・・と、迷ってらっしゃるのかもしれません。

メールの詳しい文面がわからないのですが、事前にチケットを送り出来ないのであれば、連絡無しに当日「これ、お車代です。お納め下さい」と渡したほうが良かったのかも。
当日お渡しするのは現金ですよね?
「渡します」と」宣言されても、目上の方であればシンプルに、「はい、ありがとう」とも言いにくいのかもしれません。

なので、返信が無い事は特にお気になさらず、当日チケットが間に合わなかったことを一言詫びておいて、お車代をお渡しすればよいと思います。

私も、目上の男性で、三回に一回くらいしか返信来なくて、不便な知り合いの方がいます。｢～ですか？｣と質問していても、返信のない場合も。。

忙しいのもあるでしょうし、答えがＹＥＳの場合は、返信しないとか。。
友達だったら｢了解です｣だけでもいいのですが、部下のＭＩＩさんから交通費受け取る話となると、、ニュアンスも難しいんじゃないでしょうか。。

返事がないのは、特に問題がない証拠だと受け取って大丈夫なんじゃないかと思います。

気にしないで、今までとおり接してみたらいいと思います。