婚姻届の記載ミスで大変な事に…①

以前にも相談させて頂いた者です。よろしくお願いします。
先週、２／５に結婚式をし婚姻届も提出しました。
今日、住民票（免許証名前変更の為）をとろうとしたところ、新しくできた戸籍の主人の名前が私の旧姓になっている事がわかりました。つまり主人が私の婿養子になってる状態です。

もうびっくりして頭真っ白になりました。婚姻届の欄の『婚姻後の夫婦の氏・新しい本籍』の妻の氏にチェックを入れてしまいました。同じ欄だったので、てっきり私は、妻の本籍を二人の新しい本籍にするという意味でチェックをしてしまいました。

市役所の人も、確認の為聞いてほしかった事を伝えましたが、今は奥様の性を名乗る方もいるので…といわれました。