緊急です！ご回答宜しくお願いします。

よかったですね＾＾

会社からのお祝いということですので、社長個人ではなく、慶弔制度のうちの慶事祝い金として、だと思います。だからそのお金については、
トクベツお返しをたくさんしないといけないとか、そういうものではないはずです。
お車代は当初予定していた通りの金額でお包みすれば良いと思いますが
それだと申し訳ない・・・と言う場合は
当日たくさんのお金をお返しとしてお渡しするのではなくて、
お式が終わってから、改めてお返しを、という形のほうがスマートで良いと思います。
会社の社長ということですから、おそらく主賓と思いますので
ありがたいお言葉、おかげでステキな式を終えることができた、とお礼しましょう！

会社からとしてのお祝いは、あくまでも会社からなので、お礼はいいと思いますが、
当日は、お車代として一般の方が包むご祝儀程度（３万円）を包んではいかがですか？
他にもお車代を出す方がいらっしゃるなら、受付で渡してもらえばよいと思います。
後は出社してから、丁寧にお礼を言えばよいのではないでしょうか。