結婚式に実家に帰りたいのですが

気持ちは分かりますが、優先順位を間違えているんじゃなかろうかと思います。
結婚したばかりの旦那様より大事な姪っ子でしょうか。私も式の当日に姪っ子会いたさに実家に帰ると夫に言われたら、蔑ろにされているようで面白くありませんよ。

親でも兄弟でも夫婦でもそうなんですが、日々一緒にいる人が一番大事なはずなのに、その人を一番蔑ろにしがちなんですよね。毎日一緒なんだからたまに会える人優先でいいじゃん！をやってはいけないのが夫婦だと思います。まして式当日なんて。
実家に来られた方も気を使います。旦那さん置いて来ていいの？って思います。

ゆっくり話すのは今回は諦めて、披露宴後のお見送りの際にお礼の言葉と品物を渡せばいいのではないかと思います。
式のプログラムの中に組み込まないタイミングでもダメなのでしょうか？

結婚式の後というのは支払い会計だけでなく、花嫁さんは特に衣装替えもあるでしょうし、男性も1日の緊張どっと疲れているものです。次の日に新婚旅行があるなら尚更体調に気をつけなければ。基本的に2人で過ごすか二次会（元気のある人は。うちの夫もお披露目パーティーだけなのに疲れ果てて、皆さんに誘われてもその後飲み会に出られませんでしたよ…)ならともかく、気を遣う相手の実家に当日行けと言うのは酷ですね。

ただ私はしっかりお礼を言おうとしない旦那さんの姿勢にも疑問です。私は友人の子供なども呼ばない乳幼児子供0の披露宴にしましたが、もし相手に姪がいたらさすがに拒否や冷たい対応はしませんでしたよ。一生のしこりになるし相続や介護の時に根にもたれて恨まれるでしょうから。 いい歳の大人の男性ならそれぐらい想像できないのでしょうか。。

ピアノ演奏できる年齢で泣き叫ぶわけでもないであろう姪に当日宴内でプレゼントを渡すのは嫌だ、自分の口からもお礼をしないというのはそれこそ非常識というかどうでしょうね。もう家庭を持つ大人として、宴内か送賓の際2人できちんと感謝の意を示すのは必要なことだと思います

度々失礼します。
お見送りでもダメなのですか…。大人げないですね、「普通お礼はするもの」です。
ゴリ押しされてイヤイヤ組み込んだのでもない限りはお子様に役目を頼んだなら「普通お礼はするもの」です。社会人としてお礼が言えないのは致命的です。

子供が来ることが嫌なのに譲歩して出席させてやってる、余興もやらせてやってる、その上何でお礼までしなきゃならないんだ、って所でしょうか。
そして奥様まで当日姪っ子に会いたいから実家に帰ると言い出し「そんなに姪っ子姪っ子言うな！」と意固地になってるんでしょうかね。

元々挨拶・お礼が出来ないならどうしようもないですが、日頃きちんと礼節を持っている旦那さんであれば、こんなに頑なになってしまったのはそれまでの経緯があると思います。
姪っ子優先で貴方の気持ちを考えなかった、蔑ろにしてしまったという部分は謝って、彼の気持ちを吐き出して貰ったらどうですか。

後はその時の流れ次第ですが、余興のお礼やお車代は両親に渡してもらうパターンもありますので、品物はお母さん経由、お見送りは言葉でも良いのではないかと思います。

ただこれは姪っ子優先が続いた事が不満だったから姪っ子関連絶対拒絶の場合なので、そもそもの人間性としてお礼が言えない人だと、もう少し本音と建前とか義理とか大人の対応って物を勉強しなさい、という話かと思います。

式の途中にみんなの前でお礼渡すのってそんなにおかしいんですか！？

私はリングボーイしてくれた甥っ子とフラワーガールしてくれた姪っ子たちにお礼を渡すのを組み込みましたがとても和やかな雰囲気でしたよ！
私たちへのお祝いの手紙を読んでもらいお礼にプレゼントを渡しました。

前に結婚式を挙げた友人もそれを見て姪っ子に手紙を読んでもらったけど、何もお礼をしなかったのですれば良かったなぁと言ってました。

一度プランナーさんに相談してみてはいかがですか？
お礼の一言も言えないご主人様ちょっと残念ですね。

式の後に姪っ子さんは主さんの実家にいらっしゃるから実家でお礼を渡したいということでしょうか？
別に式が終わってから実家に寄って戻ってくるんなら非常識とまでは思わないです、私は。
前日も悪くはないですが演奏の感想とか伝えながら少しくらいは話したいですよね、お気持ちは分かります。
ただ招待客からすると披露宴の最中にお礼を渡すとなるとそこで拍手を求められたりするから親族だけでやれないのかな？と思う人もいると思います。
現に私たちの披露宴で主人側の甥っ子姪っ子たちに花束を持ってきてもらって、そのお返しにその場で私たちがプレゼントを渡すという演出をしたんですが、あくまでも主人の自己満足でした。
甥っ子姪っ子たちを可愛がってるから参加してほしいという思いがあったんでしょうが、正直私としては血縁関係ない子たちだし、最中に渡さなくても親族控え室があるんだからそこでもよくない？と思ってました。（性格悪くて申し訳ないですが）
ただ大勢の人の前に出てきて役目を果たしてくれることに対しては感謝の気持ちはあるのでお礼くらいは言うのが当たり前だから、主さんのご主人のお礼を言うつもりがないというのは残念ですよね。

私だったら支払いなど終わるまでお茶でも飲みながら待ってもらって会場でお礼を渡すという形にしますね。