関西から関東に親戚を呼ぶ場合、交通費は全額負担？

まずはあなたのお母さんに相談して下さい。
親族での慣習が有ります。
プランナーさんがどちらかと言っていますが、親族によっては交通費と宿泊費の両方負担しないといけません。
うちは交通費、宿泊費、さらに親族の着付け代と、ヘアセット代金も結婚する人間が負担するのが慣習でした。
軽く五十万越えましたよ。
うちは父から援助ありました。
またJTB などで宿泊つきのプランの方が安くつきます。なので、あなたが一括での予約して時間の希望を聞いて、とする方が楽ですよ。

結婚する二人で負担と考えているかもしれませんが、新婦側親族だから新婦側が負担した方がいいのではないでしょうか。

交通費などを、お渡しする場合はお足代と書きます。
何個か下の相談のでき婚の方ですよね？
結婚資金や結婚式の情報など色々準備が足りないのかもしれませんが、自分で選んだ道なので、頑張って下さい。

ゆきんこさんと同意見ですが。

うちの場合、宿泊交通費は、新郎は新郎親族分を負担、新婦は新婦親族分をそれぞれが負担しました。
親ではなく自分たちで用意しました。
(親族以外のゲストについても同じ割り振りでした。)
日帰りするゲストには、当日お車代をお渡しするか、新幹線や飛行機チケットなどを手配して事前に郵送しました。
ホテルも自分たちで予約してクレジットで支払いは済ませておき、当日親経由で予約票を各自にお渡ししました。
事前にゲストに、お金かこちらで手配かどちらがいいかを確認した上でそうしました。
家族単位でいいと思います。
宿泊も移動も家族単位でされるでしょうし。
あ、ただ、子供が成人していて親と同室で寝るのを嫌がる場合もあるのでそれは事前に確認して、必要であればシングルを予約することが必要です。

親族以外のゲストの場合、宿か交通費かどちらかの負担"でもまぁいい"とは思います。
それは懐事情でいかようにもなるでしょう。
親族の場合は、やはりそれぞれの親族のルールでされるのが揉めずにすむのではないでしょうか。
新郎側新婦側それぞれのルールです。

宿泊の方に交通費との差額を支払う？？
要は泊まろうが日帰りだろうが一律25000円を払うっていう意味ですか？
あなたが負担したいのであればそうしてあげたほうが来てくださるゲストの負担は減るので、いいのでは？

あと、ainakaさんのニックネームを変えたのですか？
それとも違う人？

追記です。
ホテルを用意する場合はホテルの格にも気を着けて下さいね。
ビジネスホテルやシティホテルなどは止めておいた方がいいです。
結婚式で招待する親族に用意すると言えば、旅行会社の人にも止められるくらいですよ。
あと、朝食つきにしないと。

そう考えると、宿泊費の予想金額安くないですか？
私も最初は別々に金額考えました。
旅行会社でパックにすると、一人当たり四万円近かったですが、三万円くらいまで下がりましたよ。

とりあえず、お母さまに相談しましょう。
お車代、払うのが普通ではありますが、時々親族間の「お互い様」で、お車代無しにする場合があります。
あとお車代は親負担の場合もあります。
今までどうしていたのか確認してください。
仲のいい親族同士ほど、以外とお車代無しの場合が多かったりしますよ。

私の場合、親族の一部(比較的親しい、血縁の濃い親族)は、あらかじめ連絡をとり、お車代無し、その分ご祝儀無しで了承してもらったりしました。
例えば、叔父叔母・子供二人であれば、ご祝儀は8～10万くらいですが、それを交通費に回してもらう方法です。煩わしくない方法ですね。
その場合、受付をしてもらう人に予めご祝儀辞退の人を伝えておくことになりますが。

あと、もし予算的に厳しいなら出せるお車代を予め決めて伝えて(宿泊代・交通費合わせて一人あたり２万まで、世帯二人分まで等)子供も連れていくかは叔父叔母夫婦に判断を任せても良いと思います。
一応「招待した」ことになり、その上で「欠席」なら世間体は保てます。

お求めの回答ではないかもしれませんが、ご参考まで。