お車代宿泊費をいただけなかったら、自分の時も支払わなくて良いでしょうか？

関西から関東まで足を運んでくれるとは、ありがたいお友達ですね。
相手が過去にどうだったかはおいておいて、今の自分が「せっかく関西から出てきてくれるし、山梨－東京間よりは交通費も時間もかかるだろうから、お車代として交通費の一部出したい」と思う気持ちが少しでもあるのだったら、感謝の気持ちを込めて、出したらいかがでしょうか。お礼の商品券の金額に、少し上乗せしてキリがいい額にするとか…
たとえば、どうしても式の予算が厳しい・友人グループ内でお車代の慣習が全くない等の事情があるとか、出してもらっていないのにこっちだけ出すのは納得行かないor相手もお車代をもらう一方では気が引けるのでは…と思うなら、「お互い様」ということで、出さなければいいだけかと。

結婚や出産という人生の一通過点・短期間のやりとりのことだけ取り上げて、「お祝いした・されたの現金の収支が合わない」と、気が済まない（御祝儀やお車代等を自分はもらってないのに、相手へ出す必要ない、も含め…）という几帳面な方もいらっしゃるようですが、
長い友人付き合いのスパン・サイクルで考えたら、その時々の経済状況やお祝いイベント自体の有無も人それぞれあり、冠婚葬祭で動く金額の収支が合うほうが珍しいと思いますし、長く続いている友人関係はプライスレス…ということで。親しい仲なりの礼さえ欠かなければ、ある程度臨機応変でいいと思います。

考えの違う方や、実際に、似たような経験をされた方がいらっしゃるといいですね。

出した方がいいと思います。

山梨→東京だと往復1万円ですよね、関西→東京は3万円、時間も往復2時間くらい余分にかかります。

私だったら差額の2万円は絶対渡すし、時間が余分にかかる分お礼の意味で結局3万円包みます。
代わりに、宿泊費や商品券はお互い様で渡しません。
どうしても難しければ、車代2万円と数千円の商品券にします。

遠方の方を招待するときは、最低半額は車代を負担するべきだし、できないならお呼びするべきではない（もしくは式をするべきではない）とマナーの本で読みました。
同じように関西から東京に呼ばれて、夜の結婚式だったので結局宿泊したのに、1万円しか包んでくれなかった友達がいましたが、何年も経つのにずっと覚えています。ただ、その友達にはすごくお世話になったし、天真爛漫ないい子なので、「まあそういう考え方をする子なんだなあ」で流しています。

はっきり金額が見える部分なので、私だったらですが、他を我慢してでも車代などは1番頑張ります。ご両親は冠婚葬祭の経験豊富だろうし、相談しても良いかもです。

そもそも元々のお車代やお礼はお客様の負担を思いやって用意する物なので、貰ってないから渡さない、という物でもないと思います。
なので、一応渡せるよう準備しておいては。

ご本人から辞退してもらえたら一番いいですし、マナー的にはそうするべきなのでしょうが…。
私は遠方の友人を招待したとき「姉の家に泊まるし、必要ない」と言われ、お車代をお渡ししなかったことがあります。
彼女が結婚するときは自分も断るつもりです。

東京山梨間も近くはありませんが、やっぱり関西から人を呼び寄せるってかなりのインパクトなので。。実費全額には満たないまでも気持ちだけお車代は出された方が良いのではないでしょうか。おそらく彼女も家庭を持って、若い女性にとって祝儀は大金であること、なのに何もお礼をしなかった自分の非常識さに気づきわざわざ山梨まで罪滅ぼしのつもりで来てくれるのかもしれませんよ。

全部の費用をまるまる持つほどお人好しになる必要はありませんが、変なふうに「あの子、関西から呼び付けておいてお車代なしだって」と話が回っても心外ですよね？非常識に非常識で返す…みたいな事は良くないので、例えば半額でもお車代と言う形で渡したほうがいいとは思います。