会社関係で直属の上司を呼ばないで仲が良い女の先輩を呼ぶ

女の先輩は会社関係としてではなく、
ご友人としてご招待されてはいかがでしょうか？

それでしたら、問題ないかと思います。

あきさんは結婚後もそちらの職場で働き続ける予定ですか？
今回の決断で、職場に居づらくならないようならいいのですが、その辺は大丈夫でしょうか？
そして、仲の良い先輩も呼ぶ予定の人、そうじゃない人などの事情もご存知ですか？
場合によっては、先輩にも気を使わせてしまうこともあるのでは？と思うのですが。。。
そこまで呼びたくないとは、よっぽどの方なのでしょうが、仕事面で不都合が生じないか、これまで結婚式を挙げた同僚の人達の前例など、相談できると安心ですね。

新郎側が工場長さんと同期だけを招待するそうですが、
工場長さんは、あきさんの会社でいえば社長さんの立場でしょうか？
もしそうでしたら、直属の上司を呼ばない事に対する
周囲への理由付けも可能だとは思います。
ただ上の方もおっしゃるように、結婚後も在職予定でしたら
ご自分が職場に居づらくならないかを確認した上での方が
よろしいかと思いますが。

　友人というかたちなら不自然ではないと思います。ただせまい（２１才の社員の披露宴に社長会長がおみえになるということから、そこまでの大企業ではないのかな？と感じただけで他意はないです）会社のなかで「あの人はよばれた、あの人はよばない」形をとるのはけっこう面倒だしリスキーですよ。どうしても結婚式の写真を見せあったりその話題に（特に女性はワイワイと）なるだろうし相当うまく口止めしておかないと。。会社の人間関係の温度はどうですか？

　人間関係のあっさりした企業や関係の遠い上司なら「部下の結婚式によばれると祝儀も高いし家計も大変。よばれず助かったな」で済むかもしれませんが、直属だと・・会社にこれからも居る場合は私情だけで考えず割り切ってよぶのもアリだと思います。保守的な環境の場合、直属の部下の結婚式に自分だけよばれなかったとなると人によっては恥をかいたとか、おおやけでの侮辱だと恨まれかねません。慎重に考えたほうがいいかもしれませんね。