宿泊費ではなく、交通費を一部負担してもらえないか…

そのご友人との親しさの度合いにもよると思いますが、一般的に考えても「必要のないもの」よりも「ゲストの役にたつもの」を用意したいのではと思います。

なので、実家から式場に向かうから宿泊先は不要ということをまず伝えて、 ご友人の反応を見てみると良いかもしれないですね。

言葉が正しいか分からないですが、ご友人さんが気が利く御方だったら、そこですぐにお車代の話をされると思います。
もしその様子が無いようでしたら、「ちなみにこんなこと聞くのも本当に申し訳ないんだけど…」と、交通費の話をしてみてもいいと思います。

ただ相手の申し出を自分のご都合で変更をお願いするのですから、「申し訳ない」という気持ちをきちんと伝えるのと、他のゲストと不公平にならないように「宿泊費分以上のお車代はもらわない」ということを伝えるようにすれば、問題なくお話を進められるのではと思います。

「宿泊は実家にするので・・・」とまずはお伝えしてみましょう。
では、交通費の一部を負担します、と言ってくれるかどうかはわかりません。
だけど、ご実家も出身も関東ならば、もし交通費の一部を負担していただけなくてもよしとしては。
ご実家に顔を見せることができた、親孝行できたと考えればどうでしょうか。

宿泊費と言われたら、宿泊費のみ…の事が多いかもしれません。私も『宿泊費』と言われたことあります。だいたい即座に『あー、なんか旅行会社のフリーツアーで行ったほうがやすいから、お気遣いなくー。』と言うと、だいたいお車代が貰えてます。一人だけくれなかったけど…。

泊まる泊まらないは内緒にして、『ツアーで行ったほうが安そうだから、要らないよ。』っておっしゃってみるのも、アリだと思います。

何でも話せるほど、仲が良いのでしょうか？
でしたら私なら

ありがとう。でも、宿泊は実家にするから、いらないよっと伝え、

出来れば交通費片道出してくれると嬉しいなって
正直に言ってしまった方が楽かなぁって思います。

そのお友だちとの親しさぐあいにもよりますが、
宿泊費は、だいたいどのぐらいを用意してくれているのでしょう？
多分、3万円の半分にも、満たないと思うので、
正直に、「実家に泊まるけど、交通費が往復3万円かかる」っていうことを、
告げてみてはいかがでしょう？

ご友人でしたら、素直にこちらの意向をお伝えしてみてはどうでしょう。
私が遠方から招く立場だったら、事情を聞けば「もちろんよ、ぜひそうして」と
お伝えします。配慮が至らなくて申し訳ない気持ちになりますよ。