費用負担について、どのように連絡したらいいでしょうか？

今のメールの時点で教えて欲しいですね。宿泊に関しては招待状でも今一度聞きますが、と添えた方がいいかと。
また、交通費の負担も書いておいた方がいいです。一部負担もどれぐらいの負担か明記してほしいです。

どちらもお金にかかわることなので、早めに知らせておいた方がいいです。それによっては参加・不参加を決める人もいるかもしれませんし。

まずは『招待状を送りたいので、住所を教えてください』といった旨のメールを送って
(この時点では、相手はまだ出席するかわからないので、日程くらいは入れてもいいかも)
そして、相手からお返事で住所が返ってきます。

その返信メールに対し

『住所ありがとうございます！
披露宴は○○(場所)であるので、遠方のため宿泊費を負担させて頂きたいと思ってます。
』
って送るかな？

これで察してもらえるはず。と私は信じて。。
交通費は出してね！って、メールだと上手に伝わりにくいかも。。

それで、『宿泊はスケジュール的に難しいから結構だよ』ともし言われたら
『では交通費を』とわざわざ言うのではなく、当日御車代をお渡しするのがスマートかな？

なんか、こういうのって県民性にもよりそうですよね。
ハッキリ言わなきゃダメなのかしら(;つД｀)

伝え方って難しいですよね。

メールの時に事前の条件として「宿泊費だけで申し訳ないですがこちらで負担させていただきます」と伝えたらどうでしょう。

たくさんの方が来ていただけるといいですね。

難しいですよね。

新婦側のゲストがほぼ全員遠方から出席で、どう伝えるかなやみました。
私は招待するゲストには結婚報告を電話でしたので、その時に式の日程と交通費をいくら負担できるか伝えました。
遠方から来てもらうんだけど、私たちの都合で、○円くらいしか交通費が出せそうにないんだけど、それで大丈夫だったら出席して欲しい、と伝えました。
結婚報告の段階では出欠は相手の都合などわからないですし、その場で返事をするわけでもないので、そのタイミングで伝えられてよかったと思います。

なので、メールの時に具体的な金額を提示できると出席する側のゲストも助かるのではないかと思います。

私ならきちんと書いてくれた方が嬉しいです。

あてにはしていませんが、目安にはなると思います。