今更の報告とは思いますが聞きたいこと

かなり嫌な上司なのでしょうが、他の方が上司を呼んでいるのならば、しかも結婚後も働くつもりならば「身内とごく親しい友人数名だけの式でご招待できなくて申し訳ないです。」というのが無難というか大人の行動なのではないでしょうか。

あとからごちゃごゃ言われても面倒くさいと思いますよ。

よく考えてみてくださいね。

親御さんは、主様の職場の状況や慣習について、よくわからないので、そういう人物とはなるべく関わらないように、と心配されて、そのようにおっしゃっているのでは？

上司のほうは、当然結婚式に招待されるものと思って招待を待っているかもしれないので、いずれは（早い時期に？）「身内だけ…」と伝える必要があるような気がします。
もし、いちいち説明が必要な上司なら、例えば「新郎側の上司が来れないので・両家ゲストのバランスもあって身内だけ…申し訳ない」等、主様は悪くない筋書で通せるとよいかもしれないですね。
どんな言い方をすればいいかについては、職場で仲の良い同期や先輩などにご相談してみては。

場合によっては、その上司から「身内だけと言っていたのに、同僚（会社の同期）は招待されているじゃないか」と思われないように、招待する同期にも「あの上司は呼んでいないので…こういう説明になっているのでよろしく」と一言伝えておいたほうがいいかも？という気はします。何気ない雑談やSNSなどで、後でばれたら面倒かも…。

厄介な問題ですが、頑張ってください。

身内と親しい友人のみ
という事を一言お話しておけば良いと思いますよ。

同期の方柄は親しい友人で該当するでしょう。

同じ職場で働く以上、
ある程度の気遣いや社交辞令も必要ですね。

会社の風習として上司を呼ぶのであれば、
きっとその方も招待されるものと思っているかもしれません。

親御さんや身内だけの結婚式ということを伝えなくていいとお思いのようですが、
今後も働くのであれば言いづらくても「身内だけで式を挙げる予定ですので」と
出来るだけ早めに伝えておいた方がいいかもしれませんね。

今更かも知れませんが、
上司は招待されるのを待っているかもしれないので、
今からでも、身内だけでの式になりましたっと報告した方がいいと思います。

身内だけの結婚式ということは、伝えた方がいいかもしれませんね。
結婚後辞めるつもりなら、言わなくていいと思います。

締められた後のコメント失礼します。
ご両親は、いやな人は呼ばなくてもいいとか、説明もいらないと
おっしゃられていますが、
会社の風習であるのと、
もし、人数の変更が可能であるならば、
よんでさしあげたほうが、無難な様な気がします。
もし、お酒を控えていただくようにお願いするのは、ムリとしても、
同席される先輩方に、みはっていただいたり、
なんらかの策をとられてはいかがでしょう？

締め切られたあとに失礼します。

来月が挙式なのですね。
招待しない上司の方へのご報告は無事に済まれたでしょうか。

タイミングを逃してしまったにせよ、挙式後も勤め続ける職場でしたら
自分の身を守るためにも、マナーの点からも
「ご報告が大変遅くなってしまい申し訳ありませんが～」
と前置きした上で「身内だけの式ですのでご招待はいたしません。」
ときちんとお伝えすることが望ましいと思います。

代々会社の上司を呼ぶ風習がある会社だそうでしたら欠かせない挨拶です。
これからでしたら頑張って伝えてスッキリしちゃいましょう。