声をかけるべきでしょうか？

心から招待したいとは思わない方なのであれば
親族中心で、、、
という事をお話しして、招待されなくてもよいと思いますよ。

逆に招待して、当日、変にその人の事が
気になってしまうのも良くないですしね。

後日、ご報告がでらお会いするなどすれば
失礼にはならないと思います。

親族中心でやることになって
と言えばいいと思います。それに対して何故？私も行きたいとかにはならないと思うんですが。それとも根掘り葉掘り聞いてきそうなんですかね？
友人だとしても結婚式という場の雰囲気にそぐわない方は遠慮してもらった方が無難な気がします。４０～５０名という人数だと全員の顔やマナーも目に入るので。
また別の機会を設ける予定があるっていうのは良い配慮だと思います。

それでいいと思いますよ＾＾
人は悪くなくても、ご両親や他のゲストの方達の手前
知人の招待に気が進まないという想いがあるのでしたら。

個別に接待する形でのお礼を別途お考えだそうなので
それで大丈夫だと思います。

角が立たないように、
「日取りが決まって、○○さんにも来てもらいたかったのですが
身内だけの結婚式をおこなうことになってしまったので…
申し訳ありません」と言うと、大丈夫だと思います（^ ^）
違う形で接待するのであれば、尚のこと、相手の方は喜ぶのではないでしょうか。

その方法でいいと思いますよ。

その場合、日時だけで、場所などは伝えないほうがいいですよ。

悪い人ではないだけに、少しつらいですね。ちょっとピントがずれているんでしょうね・・・。

うまく断れるといいですね・・・。

がんばってくださいね。

くれぐれも、彼と共通の友人から結婚式の情報(最近は、ＳＮＳやブログやツィッターなど）が漏れないように、お気をつけくださいね。
ちょっと、変わった方だと、どういう風にでてくるのか、
想像もできませんので・・・。